Atlantis: The Lost Empire cuenta la historia de Milo Thatch, un joven lingüista, que participa en una expedición para encontrar la legendaria ciudad de Atlantis.
Cuando Milo encontró la Atlántida, descubrió que esta civilización todavía existía en el fondo del mar con una poderosa fuente de energía. Sin embargo, algunos miembros de la delegación quieren apropiarse de esta fuente de energía. Milo, junto con la princesa Kida y el pueblo de Atlantis, deben luchar para proteger la ciudad de la destrucción. Al final, Milo decidió quedarse en la Atlántida para ayudar a restaurar esta civilización.
